Для решения проблемы отправляемся в раздел Настройки магазина – Типы плательщиков, путь имя_сайта/bitrix/admin/sale_person_type.php?lang=ru и удалить там типы плательщиков привязанные к тому сайту который мы удаляем. Перед удалением, возможно, потребуется удаление заказов связанных с этим плательщиком, путь имя_сайта/bitrix/admin/sale_order.php?lang=ru