Для решения проблемы отправляемся в Сервисы — Рассылки — Список рассылок и удаляем лишние рассылки привязанные к этому сайту
Возвращаемся в Настройки — Сайты — Список сайтов и спокойно удаляем сайт
Ошибка CRubric::OnBeforeLangDelete (subscribe) при удалении сайта на Битриксе